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丹黄散改善糖尿病肾病的机制研究:网络药理学预测与分子对接验证

通讯作者: 赵 胜, 512037881@qq.com
DOI:10.12201/bmr.202512.00029
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Investigating the Mechanism of Danhuang Powder in Ameliorating Diabetic Nephropathy: Network Pharmacology Prediction and Molecular Docking Verification.

Corresponding author: Zhao Sheng, 512037881@qq.com
  • 摘要:目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨丹黄散治疗糖尿病肾病(Diabetic Nephropathy,DN)的作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform, TCMSP)、HERB数据库中挖掘丹黄散的有效活性成分进行筛选整合;在GeneCards、TDD与OMIM数据库中将DN疾病靶点整合,运用Venny网站提取药物与疾病的交集靶点,分析并获取蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,再进行筛选获取核心靶点。通过基因本体论( Gene Ontology,GO) 和京都基因与基因组百科全书( Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG) 信号通路富集分析,筛选关键信号通路并绘制“中药-成分-疾病-靶点”网络图。利用AutoDock Vina和Pymol软件对关键活性成分和核心靶点进行分子对接及可视化处理。结果:获得丹黄散药物靶点、DN疾病靶点若干;PPI分析结果表明,丹黄散主要作用于AKT 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 1(AKT serine/threonine kinase 1,AKT1,又称蛋白激酶Bα,PKBα)、肿瘤蛋白P53(Tumor Protein p53,TP53)、信号传导及转录激活因子3(Signal Transducer and Activator of Transcription 3,STAT3)和核因子κB1(Nuclear Factor Kappa B Subunit 1,NF-κB1)等靶点;GO富集分析结果显示,生物过程、分子功能、细胞组分分别富集到2805、225和81个条目,KEGG信号通路169条;分子对接结果表明,丹黄散中的关键活性成分与DN核心靶点之间均显示良好的结合活性。结论:丹黄散可联合多靶点、多通路发挥对DN的治疗作用。

    关键词: 丹黄散;糖尿病肾病;网络药理学;分子对接;

     

    Abstract: Objective: To elucidate the mechanisms by which Danhuang Powder (DHS) treats diabetic nephropathy (DN) using network pharmacology and molecular docking.Methods: Active compounds were retrieved from TCMSP and HERB; DN-related targets were obtained from GeneCards, TTD, and OMIM. Overlapping targets were identified (Venny), followed by PPI construction and topological analysis to determine core targets. GO and KEGG enrichment analyses characterized relevant biological processes and pathways. A herb–compound–disease–target network was built. Key compound–target interactions were validated by molecular docking (AutoDock Vina) and visualized in PyMOL.Results: 165 common targets were identified. Core targets included AKT1,TP53,STAT3 and NF-κB1. GO enrichment yielded 2,805 biological processes, 225 molecular functions and 81 cellular components; KEGG analysis identified 169 significant pathways. Molecular docking showed strong binding affinities between principal DHS compounds and core targets.Conclusion: DHS exerts therapeutic effects on DN via multi-component, multi-target and multi-pathway mechanisms, supporting its clinical application and further pharmacological investigation.

    Key words: Danhuang Powder; Diabetic Nephropathy; Network Pharmacology; Molecular Docking.

    提交时间:2025-12-10

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  • 序号 提交日期 编号 操作
    1 2025-10-28

    10.12201/bmr.202512.00029V1

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胡 柔, 王安宇, 黄 菁, 张黔丽, 赵 胜. 丹黄散改善糖尿病肾病的机制研究:网络药理学预测与分子对接验证. 2025. biomedRxiv.202512.00029

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